基因检测质控的那点事儿（二）——实例分析
作者：闵
上周的文章《基因检测质控的那点事儿（一）——样本质量是关键》从概念上介绍了不同样本如何做质控，强调了病理评估的价值，解释了组织样本优于体液样本的原因。那么它们在实际基因检测中是如何应用，或者说存在哪些暗坑呢？这里我们先看两个案例。
案例一：今年年初福建一名刚确诊的病友，在本地医院抽胸水检测，被建议将胸水分成两份，一份送病理，另一份送基因检测，理由是节省时间（注意这个操作和理由，再想想前一部分关于胸水标本的介绍）。
在病友群中，我当时提醒该病友不要急，等胸水病理出来后再送检，但由于大家都懂的原因，家属还是送检了并且得到了检测公司的承诺“收到胸水后先做质控，合格后才检测”。结果可想而知，胸水病理未发现癌细胞，基因检测结果早早给出阴性结果，后来该病友换了医院做了穿刺取组织检测发现为EGFR 19缺失。
案例二：去年遇见的一个病友，与上一个案例类似，该病友做穿刺，同时取了两份组织，医院留一份做病理，另一份送检测公司做基因检测，我同样建议等病理结果出来后再考虑检测，此时检测公司回复是：“公司不做病理，但设备先进就算上机检测自动检测到肿瘤细胞不够也会停止检测”。最终家属还是决定先等病理报告出来后再决定是否做基因检测。
案例分析：
案例一的病友遇到了胸水样本的盲点，上一篇介绍过胸水标本有两种检测方式，一种是用胸水沉淀按组织标本的方式检测，另一种是用胸水上清按血液标本的方式（两者异同这里不多赘述）。
未加特殊说明的情况下，检测公司收到胸水样本后默认按照胸水沉淀路线直接提取DNA上机检测，部分公司可能省略或做不了病理评估，这就导致可能存在如案例一的情况，胸水沉淀中无癌细胞，由于缺乏病理评估步骤，还是上机做了检测，结果就会错漏。
这个案例如果按正规流程操作，可以在胸水病理结果出来提示未发现癌细胞时考虑不使用胸水沉淀检测，那样至少避免一次无意义的检测；若取样困难，不想浪费样本，也可与家属协商是否转为采用胸水上清检测，按照血液样本去碰碰运气，但无论是上面两种选择的任意一种都比使用无癌细胞的胸水沉淀检测要靠谱。
案例二的槽点就比较多了：1、关于该检测公司“不做病理”这点，是很多基因检测公司的共性问题，因为专业病理医师和病理平台属于较为稀缺的资源，这类公司只能跳过病理诊断，在收到样本之后直接提取DNA上机检测，因此活检取样后在医院病理科做的病理诊断就显得格外重要；
2、“设备先进就算上机检测自动检测到肿瘤细胞不够也会停止检测”这句话就显得外行，各位可以自行搜索现在所有NGS测序仪的说明书，如Illuminate，ion torrent等等，都没有所谓“自动检测肿瘤细胞含量”的功能，并且医院病理科现在都没有完全实现AI自动阅片，也就是说目前还没有技术能够完全自动识别肿瘤细胞与正常组织，因此前面那段话是真是假就不言而喻。
实际上这是将DNA提取质量和病理评估混为一谈了，DNA总量只代表从样本中提取到了多少DNA，但提取到DNA≠含有肿瘤DNA，一定记住这是两回事。很多病友对检测结果有异议时，通常就会被告知DNA提取质量合格，检测结果没问题，但实际上这个参数并不足以确保检测结果（主要是阴性结果）的可靠，因为其不能确保含有肿瘤DNA，仍须有病理评估。
提取后的DNA无色无味且透明，无法通过人眼分辨。如上图所示，若不经病理评估而直接提取样本的DNA，就算DNA总量达标能上机做实验，也会出现由于缺少肿瘤DNA而导致检测结果无意义的情况。
就好比有一大堆钞票，只要重量够了就能上机打包装箱，是真是假并不影响机器打包，但只有真钞才能拿出去买东西。问题在于真钞假钞还能通过验钞机分辨，一份阴性的血液基因检测报告是没法区分到底是确实自身没有驱动基因突变，还是由于缺少肿瘤DNA导致的阴性。因此病理评估与DNA质量评估作为质控标准都很重要，尤其病理评估对于确保检测结果有意义具有十分重要的作用。
总结
质控是保证基因检测成功的基础，组织标本有病理评估+DNA质量评估双保险，而血液标本只能做DNA质量评估保证完成最基本的检测过程，仍存在漏检可能。DNA质量评估≠合格的质控，DNA质量评估合格≠检测结果一定有意义。各位在实际治疗过程中，如果能够在医院做病理评估，那就尽量不要图省事跳过或省略，避免类似偷工减料的情况发生。
当然文中所述的是理想状态，是病人体质还允许取组织且能够取的到组织的情况下，若无法获取样本，或者胸水量不足以分批送检的时候，则只能考虑一些替代方案，如抽血做基因检测，或者直接用胸水上清检测等。
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